На основании современных научных данных можно рассмотреть взаимодействие бактерий с макроорганизмом, напоминающее по характеру межклеточную кооперацию,  с учетом функций, которые выполняют кишечные бактерии, как часть организма «хозяина»,  

Можно ожидать, что в ближайшие годы технологии эндокапсулярной диагностики продвинутся вперёд настолько, что позволят осужествлять микробиологические заборы, топически привязанные к любым участкам пищеварительного тракта, что будет прорывом в изучении кишечного микробиома.